Gli affreschi dell'ampia volta della navata, dedicati ai Santi Paolo e Benedetto, furono eseguiti dall'artista comasco Giulio Quaglio tra il 1712 e il 1713. Essi si impongono per il felice effetto dell'insieme più che per la qualità delle singole parti. Tutti gli altari marmorei presenti nelle cappelle sono dovuti ai fratelli Antonio e Domenico Corbarelli, marmorari bresciani, che li realizzarono tra il 1692 e il 1707. Opere di transizione tra '600 e '700, essi mostrano un'evoluzione da severi schemi seicenteschi a soluzioni più leggere e dinamiche di gusto più prettamente Rococò. La loro decorazione scultorea spetta al bresciano Santo Callegari il Vecchio, cui si devono forse anche le quattro statue degli Evangelisti nelle nicchie delle piccole pareti angolari della navata. L'altare maggiore, eretto nel 1716 sempre dei fratelli Corbarelli, presenta invece opere scultoree attribuite alla bottega di Andrea Fantoni. Nella prima cappella a sinistra è situata la pala del veneziano Antonio Molinari raffigurante Sant'Andrea con i Santi Giovanni evangelista, Pantaleone e Lucia, eseguita nel 1703. Alle pareti laterali si trovano due splendide tele del bolognese Giuseppe Maria Crespi, in cui sono rappresentati Il martirio di San Giovanni evangelista e Sant'Andrea che adora la croce del proprio martirio. L'artista riesce a vivificare le parti salienti dei suoi dipinti, di chiara impronta naturalistica, staccandole dal fondo in ombra con forti bagliori di luce. I due dipinti furono commissionati nel 1728. Nella seconda cappella a sinistra si trovano due ovati realizzati dal pittore napoletano Paolo de Matteis nel 1727 con soggetti che alludono all'Eucarestia conservata nel tabernacolo dell'altare: La raccolta della mamma e Melchisedec che offre a Dio il pane e il vino. Nella terza cappella a sinistra, oltre alla pala d'altare del 1698 del pittore bolognese Domenico Carretti con San Gregorio Magno che invoca la liberazione dalla peste, si trovano due pregevoli tele del veronese Antonio Balestra. I dipinti, raffiguranti San Gregorio che riceve Gesù in veste di pellegrino e San Gregorio che mostra ai fedeli il corporale insanguinato, furono commissionati nel 1729. Nonostante l'artista segua una linea di tradizione classicista, non allineandosi all'ormai diffuso Rococò, nelle tele di questa cappella dimostra vigore creativo e una notevole vivacità compositiva.
Nella cappella di fronte si trova la pala d'altare datata 1692 con San Benedetto che consegna a San Mauro la regola benedettina tra i Santi Placido e Scolastica del chiarista veneziano Gregorio Lazzarini. Ai lati due importanti tele di Sebastiano Ricci. Di formazione veneziana, quest'ultimo fu artista di grande rilievo per la precocità con cui riuscì a staccarsi dagli stilemi seicenteschi adottando un cromatismo splendente e una pennellata sciolta e dinamica di chiara impronta Rococò. I due dipinti rappresentano San Mauro che salva San Placido dalle acque per comando di San Benedetto e San Mauro che guarisce gli infermi. Nella cappella centrale di destra troviamo altri due ovati di Paolo de Matteis, che li eseguì nel 1728. In essi sono rappresentati Il sacrificio di Isacco e Il serpente di bronzo, alludenti al sacrificio di Cristo sulla croce. Nella prima cappella a destra si trova una pala del veneziano Antonio Bellucci. L'opera, raffigurante Sant'Alessandro decapitato e i Santi Grata, Fermo, Rustico e Antonio, è datata in basso 1704. Alle pareti laterali sono situate altre due notevoli tele di Giuseppe Maria Crespi, a cui furono commissionate nel 1729. In esse sono rappresentati I Santi Fermo e Rustico in prigione e il martirio di Sant'Alessandro.
